《忍者神龟2：破影而出》根据漫画改编，讲述了城市在恢复平静后，大反派施莱德重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力试图称霸地球，而女记者奥尼尔与神龟达成阵线联盟共同抗敌的故事。