承接第二集的故事，一场为寻找自由的的漫长惊世战争正式展开。锡安的人们面临母体机械大军的入侵，人类也赌上所有武力，发动最大攻势，将整场战役由地面延伸到母体的天空，此外，救世主尼奥与宿敌计算机特工史密斯也将展开一场绝命殊死战。